Серверное ПО Microsoft кроме операционных систем (см. раздел «Серверные ОС 2003» и «Серверные ОС 2008»), включает в себя сервера приложений.

Microsoft предлагает следующие серверные продукты:

Microsoft SQL Server - система управления реляционными базами данных. Доступна в версиях, общие Enterprise, Standard, специализированные Workgroup, Web, Compact, Express (MSDE). Предыдущая версия 2005 в настоящее время заменяется новой 2008.

Microsoft ISA Server - Microsoft Internet Security and Acceleration Server, прокси сервер для организации защиты локальной сети извне, и обеспечения информационного взаимодействия инфраструктуры предприятия с внешней сетью. Текущая версия - 2006. Доступен в двух вариантах - Standard и Enterprise (объединяет до 32 узлов через Network Load Balancing, нет ограничений на процессоры/память).

Microsoft Exchange Server - почтовый сервер и корпоративный коммуникатор. Обработка и пересылка email сообщений, общий доступ к календарям и задачам, поддержка мобильных устройств, веб-доступ. Текущая версия - 2007. Доступен в двух вариантах - Standard (5 групп хранения и баз данных) и Enterprise (50 групп хранения и баз данных, кластеры с репликацией).

Microsoft Project Server - сервер хранения единой общей информации для обработки данных в системах планирования проектов Microsoft Project. Текущая версия - 2007.

Microsoft SharePoint Portal Server - серверное приложение для создания и поддержки сложных многофункциональных корпоративных порталов. Полностью интегрирован с Microsoft Office 2007 для совместной работы над документами. Текущая версия - 2007. Сервер доступен в пяти вариантах - Standard и Enterprise, каждая в простой версии и в версии «for Search», и сервер для веб-узлов. Сервер требует от клиентов одной из трёх лицензий доступа CAL:  Standard, Enterprise или Internet. Также SharePoint Portal Server может требовать серверную и клиентские лицензии Microsoft Office Forms Server 2007.

Microsoft Office Communications Server - сервер персональных коммуникаций, объединяющий ICQ подобные мгновенные сообщения и VoIP Skype подобные голосовые мессенджеры. Полностью интегрирован с Microsoft Office. Текущая версия - 2007. Сервер доступен в вариантах Standard и Enterprise и требует соответствующих серверных и клиентских лицензий CAL, а также лицензий внешнего доступа External Connector.

BizTalk Server - сервер для автоматизации и управления бизнес-процессами как внутри предприятия так и по корпорации в целом. Текущая версия - 2006. Сервер доступен в трёх вариантах - Developer, Standard и Enterprise.

Systems Management Server - сервер для централизованного управления и ревизии сетевой инфраструктуры предприятия, как аппаратного так и программного обеспечения. Текущая версия - 2003 R2. Сервер доступен в вариантах Standard и Enterprise и требует соответствующих серверных и клиентских лицензий Device CAL.

Microsoft Commerce Server - сервер для развёртывания онлайн торговой площадки. Текущая версия - 2006. Сервер доступен в трёх вариантах - Developer, Standard и Enterprise.